患者D，女性，66岁，自2021年12月以来感到上腹部不适。在当地门诊进行检查时，通过胃镜发现了糜烂性胃炎。后被诊断为胰腺体部的非功能性神经内分泌肿瘤（NETs）。诊断的合并症包括1级、1期动脉高血压、慢性浅表性胃炎和食管裂孔疝。肿瘤在组织学上呈现小梁状和类腺样（假腺体）结构。收集的肿瘤组织样本的一部分用于制备单细胞悬液，完成5′ 10× Genomics的单细胞RNA测序（scRNA-seq）。为了进一步评估胚系FANCD2和WNT10A突变对肿瘤的影响，对患者的肿瘤样本进行了全外显子组测序（WES）。

图1 文章概要图

为了更精确地定义肿瘤微环境的细胞组成模式，研究者将已发表的四个PanNET样本的scRNA-seq数据与本案例做了整合（图2A）。在完成批次校正后，合并的细胞群包含了来自不同样本的细胞（图2B）。研究者基于已知的marker基因，绘制了各个细胞亚群中表达量的分布图（图2C）。通过整合已发表的数据，研究者将T细胞和NK细胞细分为CD4⁺ T细胞、CD8⁺ T细胞和NK细胞，并识别了内皮细胞/成纤维细胞群体，尽管这些细胞在患者样本中并未被检测到（图2D）。

图2 患者肿瘤组织scRNA整合数据库4例样本数据的结果

总体而言，研究发现所有样本中不同细胞类型的比例相似。然而，由于实验设计中存在CD45阳性细胞富集步骤，这使得已发表的scRNA-seq数据中肿瘤的基质细胞比例相对较高。为明确FANCD2和WNT10A这两个基因的胚系突变与临床表型之间的关联，例如它们对治疗的反应和预后的影响，以及肿瘤分子水平的变化，需要收集一组携带这些基因变异的患者样本。目前，关于PanNETs的已发表数据量有限，这限制了更复杂的分析；不过，本研究提供的scRNA-seq数据和肿瘤样本的基本特征分析结果，将有效促进未来研究的发展。

图3 患者肿瘤组织样本的WES测序结果

患者的肿瘤突变负担（TMB）为2.05次突变/Mb。虽然这个速率通常被认为是低TMB，但对于PanNET而言，这一数值相对较高，因为PanNET的平均TMB为0.82（0.04–4.56）突变/Mb或更低。这种较高的TMB这可能与FANCD2突变导致的DNA修复功能受损有关。此外，通过对样本的突变谱进行COSMIC突变特征分析，发现存在与碱基切除修复缺陷相关的SBS30特征（图3B）。目前，已知FANCD2被证明与DNA交联修复相关，而在PanNET中，FANCD2的损伤可能对碱基切除修复机制（BER）的影响更为显著。值得注意的是，该肿瘤还表现出MUTYH的缺失（4个拷贝中有2个缺失）。此前有研究指出，MUTYH的缺失与BER缺陷相关，这可能是观察到BER缺陷特征存在的另一种解释。